按照通知，将车辆购置税收入补助地方资金，也就是车购税资金的支出范围中增加“沿海港口公共基础设施建设支出”，支出按项目法分配。其中，对于重要港区公共基础设施，东部地区、西部地区分别按工程费用的50%、60%补助；对于其他港区公共基础设施，东部地区、西部地区分别按工程费用的30%、40%补助。
通知规定，重要内河水运支出，除《暂行办法》规定内容外，还包括内河航道应急抢通支出。按项目法分配，采用事后补助方式：西江航运干线航道、国境国际通航河流航道等属于中央财政事权的应急抢通项目，按照交通运输部核定实际支出的100%给予补助；其他内河高等级航道和其他重要航道等属于中央和地方共同财政事权的应急抢通项目，按照交通运输部核定实际支出的50%给予补助。值得注意的是，补助资金使用范围包括应急性的航道维护测量、疏浚、清障、通航建筑物水工结构及其设备设施抢修、通航建筑物闸室及引航道清淤等业务工作，不得用于人员、办公经费。
通知还对川藏铁路配套公路的补助方式和补助标准进行了规定。川藏铁路配套公路中涉及国家高速公路、普通国道、西藏自治区省道以及国省道桥梁检测加固项目，按照《暂行办法》规定的项目法分配资金。其中，延续项目按照交通运输部已出具的项目资金意见函核定的补助标准执行。越岭积雪路段应急停车区、国省道桥梁检测加固项目以及四川省涉藏地区国道318折多塘段、海子山段，按照交通运输部核定总投资的100%予以补助。
